Je viens de faire l'acquisition d'un nouveau SSD (samsun pro 840 128 Go)

1. j'ai branché le nouveau SSD sur le sata3 de mon pc
2. J'y ai installé windows 7 home premium
3. Etant donné qu'il y avait 2 versions de windows sur le pc, une sur le SSD et une sur l'ancien HDD j'ai utilisé l'utilitaire EasyBCD pour basculer la partie système sur le SSD et ainsi pouvoir formater l'ancien HDD (windows ne voulait pas formater le HDD avant cela)
4. J'ai formaté l'ancien HDD avec l'ancienne version de windows
5. Tout s'est bien passé lors du redémarrage après cette bascule (je précise REDEMARRAGE)
6. Lorsque j'ai allumé le pc le lendemain j'ai eu un message BOOT MANAGER ABSENT!!!
7. En remettant le CD de windows j'ai pu réparer le problème
8. Maintenant mon nouveau C: (le SSD) où est installé windows 7, le D: (HDD nouvellement formaté, considéré par diskmanager comme le disque système), le E: (1 HDD de 1 To)
Je n'ai plus le message BOOT MANAGER ABSENT, le pc démarre sur les chapeaux de roues mais je m'inquiète du fait que windows et le disque système ne soit pas le même. Donc voici mes questions:
Est-ce un problème? (mises à jour, registres des logiciels, etc...)
et si oui comment y remédier?
Je suis prêt à tout refaire depuis le début mais si je peux éviter ce serait bien sympa
Merci pour votre aide, je ne suis pas hyper callé sur ces questions de boot, système, etc, donc je veux bien des explications histoire d'y comprendre quelque chose pour la prochaine fois.